LighttpdとApache httpdが共存していると上記のWarningが発生するみたいなのですが、/opt/zenoss/Products/ZenRRD/zenprocess.py を読むと、初期状態の正規表現では誤検知してしまう可能性があります。
なので、INFRASTRUCTURE > Processes > Apache > Regular Expression > Pattern を
^[^ ]*?\/httpd[^ /]*( |$)
のようにlighttpdが合致しないよう修正すれば解決できますた。
